單人副本是勇者之塔最主要的玩法，劇情的發展、龍寵的孵化、絕大多數任務的完成都需要在單人副本中進行，同時單人副本還會掉落大量的道具和經驗，所以非常建議使用經驗卷軸。
進行單人副本需要消耗體力值，每次10點。體力值每半小時自然增長5點，每天12:00和18:00各發放60點。

點擊主城右邊的傳送點，選擇需要進入的副本。(點擊任務的連結可以直接選擇指定的副本！)

選中副本後，彈出怪物據點分佈圖，系統會自動篩選出玩家當前的最佳據點。

玩家點擊據點後進入戰鬥場景，玩家可以看到場景中跑來跑去的怪物，當用滑鼠點擊怪物便自動進入戰鬥。在進入戰鬥之前，玩家可以調整戰鬥中所施放的技能，方便在進入戰鬥后能夠給怪物致命的的傷害。在單人副本通關之後將隨機獲得裝備，種子，經驗等獎勵。

組隊副本難度較大，需要至少2名玩家組隊挑戰，推薦3名玩家組隊完成。建議玩家通過陣型的排布、技能的合理搭配來合力通關副本。

組隊副本主要掉落“武器套裝”的裝備和強化的材料，另外還會掉落珍貴的寶石、道具和大量的經驗，所以在此也建議使用經驗卷軸的輔助。

另外，在公會模式下，和公會成員一起通關，還可以額外獲得公會貢獻及增加公會財富。

多人副本可以在一天當中任何時刻進入，每天進入副本有獎勵次數限制。超過限定的次數，將無法獲得副本獎勵，但仍可輔助自己的朋友或者幫會成員攻剋難關。點擊遊戲界面上方的“組隊副本”圖示，系統會自動根據玩家的等級篩選出合適的房間。

點擊創建按鈕，系統會根據玩家的等級自動篩選出可進行的副本。也可以通過查找按鈕尋找適合自己的隊伍。

創建成功後進入到組隊房間，可以邀請好友，公會和當前打開組隊副本介面的玩家參與。也可以通過“邀請”圖示在世界頻道發佈消息，邀請遊戲中的玩家共同參與。正所謂不打不相識，跟其他玩家多“打”幾次副本就能成爲朋友囉！

當聚集齊隊友之後便能展開攻勢。隊長能夠在開戰之前調整好隊伍的陣勢，不同位置上玩家出手順序不同。中路的玩家將會一個人承擔Boss的普通攻擊，他在隊伍中充當的角色就顯得極爲重要。

戰鬥結束後，通過翻牌來獲得副本的獎勵。作爲隊伍中的靈魂人物，隊長還能獲得額外經驗加成！