故事描述一個擁有永恆能量的秘密神物「立方體」被一個外星文明封存在地球，被神盾局拿來進行能量開發，卻因強大的能源而被邪神洛基盯上並偷走，為了搶回被奪走的「立方體」，美國政府決定招集超級英雄們組成復仇者聯盟來保護地球。而遊戲也多以此劇情為背景，加上漫畫般的場景和華麗的戰鬥場面為特色。