長大的奈莉在下班回到家後，看到家中的鏡子倒映者自己小時候的模樣。此時，鏡子忽然碎裂並把奈莉吸了進去。當她從床上醒來以後，發現自己已經變成小女孩的模樣，並回到當時的小屋，而小屋前面就是當時的黑森林，奈莉為了回到原本的世界，將再一次地前往黑森林。

奈莉的奇妙冒險２是一款黑色童話風的動作冒險遊戲，玩家要扮演變回女孩的奈莉，為了回到原來的世界，而深入危險的黑暗森林。一開始玩家只能用方向鍵移動與跳躍來進行遊戲，空白鍵可調查奇怪的地方、撿拾物品與實行動作。不過要記得奈莉只是小孩子，從大高的地方跳下來可是會摔死的！還有，森林中的果實看起來很美味，但可別自己亂吃，不然可能也會中毒而死喔。而奈莉在進入黑森林後不久就會撿到一個六角形的護身符，這個護身符可以讓奈莉把黑森林切換成紫森林或是綠森林，兩個世界的森林都會有各自的道具來幫奈莉通關喔！

遊戲操作：以鍵盤方向鍵操作主角移動，Z 鍵切換森林，X 鍵呼叫或是放下寵物，空白鍵調查或行動。