神奇寶貝紅寶石包含了九座城市、六座城鎮和許多景點，它們之間以道路互相連接，和以往的作品一樣，有些地區需要玩家達成某些劇情後才能進入。遊戲介面和以往作品差別不大，都是以鳥瞰的視角操作主角進行遊戲，遊戲的主要目的是打敗四大天王並完成神奇寶貝圖鑑，玩家也需要擊敗想要控制全地區的邪惡組織。

遊戲中的「特性」與「個性」也是本作引入的重要元素，特性會對戰鬥產生影響，可能是提升己方的能力、弱化敵方的能力或改變天氣等其他要素，發動時機也有所不同。「儀態」是另一項本作新增的元素，在華麗大賽中扮演重要角色，華麗大賽是遊戲中的小遊戲，神奇寶貝會在其中使用某些招式並由評審評分，每隻神奇寶貝與每個招式都具有儀態，神奇寶貝的儀態可透過使用「方塊糖」來提升。

遊戲操作：以鍵盤方向鍵 ↑↓←→ 控制移動，Z 鍵確認，X 鍵否定，空白鍵騎腳踏車(要先獲取)，Enter 鍵功能選單，D 鍵左邊 Alt，X 鍵左邊 Alt。

儲存方式：
1. 先把滑鼠游標移到遊戲畫面
2. 點選向下的箭頭標誌
3. 把遊戲檔存到隨便一個你找的到的地方(建議存在桌面)
4. 之後你要玩的時候，只要把滑鼠游標移到遊戲畫面後點選向上箭頭，再載入你之前存的遊戲檔案就行了(建議要隨時存檔比較放心)。