神奇寶貝藍寶石包含了九座城市、六座城鎮和許多景點，它們之間以道路互相連接，和以往的作品一樣，有些地區需要玩家達成某些劇情後才能進入。遊戲介面和以往作品差別不大，都是以鳥瞰的視角操作主角進行遊戲，遊戲的主要目的是打敗四大天王並完成神奇寶貝圖鑑，玩家也需要擊敗想要控制全地區的邪惡組織。

遊戲中會根據真實時間調整遊戲中的時間，並影響潮汐漲退、樹果生長等活動。遊戲開始時，主角可從小田卷博士處選擇木守宮、火稚雞或水躍魚作為起始神奇寶貝，除了擊敗各道館館主主線的任務外，也有些非玩家角色給予玩家支線任務，通常是要求玩家收集某項物品或捕捉某隻神奇寶貝，捕捉傳說中的神奇寶貝也是遊戲的另一項目標，遊戲最重要的支線任務則為阻止反派角色岩漿團與海洋團的陰謀，這兩個邪惡團體企圖利用傳說神奇寶貝的能力來改變豐緣地區的氣候。

遊戲操作：以鍵盤方向鍵 ↑↓←→ 控制移動，Z 鍵確認，X 鍵否定，空白鍵騎腳踏車(要先獲取)，Enter 鍵功能選單，D 鍵左邊 Alt，X 鍵左邊 Alt。

儲存方式：
1. 先把滑鼠游標移到遊戲畫面
2. 點選向下的箭頭標誌
3. 把遊戲檔存到隨便一個你找的到的地方(建議存在桌面)
4. 之後你要玩的時候，只要把滑鼠游標移到遊戲畫面後點選向上箭頭，再載入你之前存的遊戲檔案就行了(建議要隨時存檔比較放心)。